传统儒家思想是以孔孟思想为基础，吸纳了“天人感应”思想、佛教道教思想以及唯心主义思想等，历经汉代董仲舒的“大一统”，两宋时期程朱理学，宋明期间的陆王“心学”的演变，形成了一套以宗法制度为核心，三纲五常为基本内容的封建礼仪道德规范，成为中国社会两千年的主流思想，构成中国传统文化之根基。步入中国近代社会，传统儒学的境遇却发生了较大变化。随着西学的传入，传统儒学的主体地位发生动摇并且逐渐沦为近代各种政治力量表达诉求的载体，有时被当作批判和指责的对象中国的儒家思想的统治地位，有时受到维护和利用。
在中国近代史上首先打出反对传统儒家思想文化旗号的当属洪秀全，目的为号召社会民众参加反清斗争，实现太平起事。洪秀全创建以“拜上帝”为核心，宣传人人平等为主要思想的“拜上帝教”，以实现鼓动更多的社会民众参与反清斗争的目的，但这与长期以来以“三纲五常”、宗族观念为基本内容的传统儒家思想文化有着根本的不同。为打破儒家文化主导下的社会思想而建立起“拜上帝”这一新的社会信仰力量，洪秀全从开始就实行了反对儒家文化的做法，如“一夜纵火焚府学及城隍庙”，“每日辰刻礼拜，号曰‘拜上'，毁各庙宇神像”等。定都天京后，为了维系太平天国赖以存在的思想纽带，洪秀全进一步禁止儒家思想的传播。他把孔孟书籍“尽行焚除，皆不准买卖藏读也，否则问罪”，还将《四书》《五经》的“一切鬼话、妖怪话、妖语、邪语一概删除净尽，只留真话、正话”等。具有讽刺意义的是，洪秀全虽然视儒家思想为腐朽，但还是承袭了诸多封建陋习，如纳妾和等级制度等，很明显，依然没有摆脱传统儒家思想的束缚。与此同时，洪秀全毁坏、禁止儒家文化的行为还引发了传统文人的强烈反对，如曾国藩就认为，太平天国“皆以兄弟称之”，毁坏了“君臣、父子、上下、尊卑……如冠履之不可倒置”的秩序，并呼吁清大夫不要“袖手安坐”，从而激起了一个以儒学信仰为基础并组建了军队与之对抗的湘淮集团势力的形成。可见，洪秀全对待传统儒家文化的不当行为成为太平天国败落的一种必然。
在儒学受到内外冲击下，湘淮集团不仅竭力维护儒家思想的主体地位，还试图通过“中学为体，西学为用”的方式对其进一步巩固，以应对外患内忧的局面，挽救清廷的危亡统治。在太平天国大肆毁坏孔孟文化时，曾国藩就曾指出，“此岂独大清之变，乃开辟以来名教之奇变，我孔子孟子之所痛哭于九泉”，并要求，“凡读书识字者，又焉能袖手坐观，不思一为之所也”。于是曾国藩推行儒家“礼治”，以“日教民以孝悌仁义之经”；全力恢复太平军占领区内的科举考试，以至“两江人士闻风鼓舞，流亡旋归”等等。面对西学渐盛之势，李鸿章等认识到，“中国欲自强，则莫如学习外国利器”，同时还认为西人之学“竭其智慧不出中国之范围”，所以要求“以中国之伦常名教为根本，辅以诸国富强之术”，其目的就是“取西人器数之学，以卫吾尧舜禹汤文武周孔之道”。于是，他们引进西方军事技术、创建新式学堂等，以此完善儒学的“外王”“内圣”功能。但事实相反，儒学思想正统地位随着洋务运动对西学的引入而进一步动摇，并受到时局的严峻挑战。
康、梁企图将西学与孔孟思想相结合，说服近代顽固势力，实现托古改制，改变中国近代被动挨打的局面。洋务运动附带而来的西方民主观以及甲午战败激起的民族意识，与传统孔孟思想产生了强烈的碰撞，引发了19世纪末的社会思想危机。在这种状况下，民族资产阶级代表康有为、梁启超借助孔孟旗号发出了社会改革的呼吁。康有为认为，“孟子大义云：民为贵，但以民义为主，其能养民，教民者则为主，其残民、贼民者，则为民贼”，所以，他认为，“孟子、荀子都认为桀纣非君，汤武非弑，其道理在于：‘为民贼者，人人皆得而戮之也’”。显然，康有为的本意主要强调，“孔子以前的历史，是孔子为了改变当时的社会状况，而按照自己的理想假托先王的言行写出来的宣传作品，目的是为了实现社会改革”。或许正是这种宣传方式，让维新思想一时获得广泛传播，不仅吸引清廷大员纷纷参加维新派筹建的强学会、保国会以接受维新思想洗礼，也令光绪皇帝为之动容，并最终接受维新主张。然而，他们在随后的改革中提出的“废八股，倡西学”方案似乎又让其政治诉求大打折扣，使官员基于传统文化的信仰而对变法产生疑义。这似乎决定了维新变法最终的命运，却开启了近代思想启蒙。
同维新派一样，资产阶级革命试图把西方资产阶级革命理论和传统儒家思想进行结合，使革命理论为一般社会大众所接受。众所周知，三民主义是孙中山领导的资产阶级革命的指导思想，该思想主要来自于西方资产阶级的革命理论、学说，但孙中山依然从古代孔孟思想中寻找三民主义的理论根源。他指出，“三民主义首渊源于孟子……孟子实为我等民主主义之鼻祖”。这是因为孔子主张，“大道之行也，天下为公”；孟子提出中国的儒家思想的统治地位，“天视自我民视，天听自我民听”。同时，孙中山又依据孔子曾主张的“言必称尧舜”以及孟子的“闻诛一夫纣矣，未闻弑君也”，从而明确提出“那些暴虐无道的就称为‘独夫’，大家应该去反抗他”。显然，这种革命理论的阐释使得辛亥革命推翻清廷专制王朝顺理成章，但也导致了长久以来建立的传统礼乐制度的崩塌，以致在辛亥革命之后，“任何一方政治势力和知识阶层，都不曾即时提供一个在完整性上足以与传统价值全面匹敌的替代系统”，这使得文化复古逆流趁机而入。
辛亥革命失败之后，袁世凯借机大举推崇孔孟思想，打出了“尊孔复古”的旗号，实际目的是为复辟帝制，“不过借祀孔之名，为收拾人心之具，帝制复活之实”。虽然辛亥革命推翻了封建帝制，民主共和的观念一度广为传颂，但“根深蒂固的传统社会价值体系并没有被先进的资产阶级的价值观击溃”，于是，1912年9月，袁世凯发布《崇孔伦常文》，重弹“尊孔复古”的老调，“中国立国，以孝、悌、忠、信、礼、义、廉、耻为人道之大经”；“八德乃人群秩序之常”。很明显，袁世凯此举有司马昭心之嫌，因为儒家思想文化不但代表中国传统文化，也包含了封建专制礼教内容。正如1913年上海《中华民报》发表社论指出的，“因孔氏力倡尊王之说，欲利用之以恢复人民服从专制之心理”，换言之，“在尊孔的旗号下公开进行帝制复辟活动，则是不争的事实”，随后历史也证明了这点。但最终的结果是，即使为“尊孔复古”摇旗呐喊的康有为、马其昶等人面对袁世凯的复辟活动，也提出了异议，认为“名不正则言不顺”，袁世凯本人不但没有实现皇帝的梦想，而且其推行的“尊孔复古”活动还触发了一场近代思想文化领域的反孔运动。
事实上，大张旗鼓地恢复儒学正统地位的不止袁世凯，还有由进步变为保守的康有为，他积极成立孔教协会力图恢复“礼崩乐坏”的秩序；甚至连美国传教士李佳白也在呐喊、助威，“孔教与民国，民国与孔教，均有密切之关系，孔教昌则民国愈固”。这些鼓吹文化复古的行为反倒进一步激发了资产阶级激进派开启思想文化新时代的决心。正如陈独秀强调的，“继今以往，国人所怀疑莫决者，当为伦理问题。此而不能觉悟，则前之所谓觉悟者，非彻底之觉悟，盖犹在惝恍迷离之境。吾敢断言：伦理的觉悟，为吾人最后觉悟之最后觉悟”。
在经历了辛亥革命果实被窃以及“尊孔复古”逆流，陈、胡等人深感儒学“是‘历代帝王专制之护符’，正是儒学和孔子造成了今日中国的落后”，“根本的伦理道德，正与欧化背道而驰，势难并行不悖。吾人倘以新输入之欧化为是，则不得不以旧有之孔教为非；倘以旧有之孔教为是，则不得不以新输入之欧化为非。新旧之间，绝无调和两存之余地”。为此，新文化运动领导者高举“打倒孔家店”的旗帜，以《新青年》和北京大学为阵地，开始全面涤荡传统文化。陈独秀提出，“孔子生长封建时代，所提倡之道德，封建时代之道德也；所垂示之礼教，即生活状态，封建时代之礼教，封建时代之生活状态也；所主张之政治，封建时代之政治也”，而“何能行于数千年后之今日共和时代国家时代”。吴虞更指出，“孔二先生的礼教讲到极点，就非杀人吃人不成功，真是残酷极了”，等等。显然，主导中国社会千年的传统儒家思想俨然成为新文化运动首当其冲的口诛笔伐对象。这似乎预示着，“自20世纪的开始以来，孔夫子的运气是很坏的”。
由此可见，不管近代的改良还是革命，各种政治力量都无法绕开儒学这个话题，他们的目的都是“由其现实的利益和要求出发，各取所需，或夸扬其（孔子）保守的方面，或强调其合理的因素，来重新解说、建造和评价他们，以服务于当时的阶级的、时代的需要”。这也足以表明儒家思想文化的影响力之大。实际上，即使对中国传统文化持较多批评的陈独秀、胡适等人都不得不承认，“我在我的一切著述上，对孔子和早期的‘仲尼之徒’如孟子，都是相当尊敬的”；“我们反对孔教，并不是反对孔子个人”。但不可否认的是，近代时人在利用和扩大孔孟思想的政治价值时，不仅带来了传统儒学思想社会角色的转变，也导致其部分文化价值和社会功能的丧失。
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